Le indagini morfologiche sono eseguite con il Sonar a Scansione Laterale (SSS), strumento che fornisce una restituzione complementare al MBES con informazioni sulla litologia, la granulometria e le biocenosi presenti sui fondali.

Le indagini con magnetometro, singolo o configurato a gradiometro, consentono la rilevazione di oggetti metallici superficiali o sepolti nel fondale marino.